Di zaman pemerintahan Sultan Mansur Shah, Raja Melaka ke 7, Pahang yang masih di bawah pemerintahan Siam telah di takluki oleh Melaka dan Rajanya yang bernama Maharaja Dewa Sura telah ditawan. Puteri Raja Siam di Pahang yang bernama Puteri Wanang Seri telah diperisterikan oleh Sultan Mansur Shah dan dengannya baginda beroleh dua orang putera, yang tua bernama Raja Muhammad dan seorang lagi bernama Raja Ahmad. Setelah berlaku peristiwa pembunuhan Tun Besar anak Bendahara Paduka Raja Tun Perak oleh pengiring Raja Muhammad maka Raja Muhammad telah tidak diterima untuk menjadi bakal Sultan Melaka dan dihantar ke Pahang. Raja Muhamad disertai seramai 100 orang lelaki dan 100 orang perempuan.
Sultan Mansur Shah telah menitahkan Seri Nara DiRaja Tun Tahir untuk pergi ke Pahang merajakan Raja Muhammad. Seri Nara Diraja pun merajakan Raja Muhammad sebagai Sultan Pahang bergelar Sultan Muhammad Shah, Sultan Pahang yang pertama keturunan daripada Raja Melaka. Tun Hamzah, menantu Bendahara, Seri Amar Diraja Melaka, diangkat menjadi Bendahara Pahang bergelar Bendahara Seri Amar Diraja. Anak Seri Bija Diraja Tun Hamzah iaitu Datuk Bongkok diangkat menjadi Hulubalang Besar bergelar Seri Akar Raja, selain daripada itu diangkat juga seorang untuk menjadi Penghulu Bendahari dan seorang Temenggong.
Sempadan negeri Pahang masa itu, yang masuk dalam perintah Sultan Muhammad Shah ialah dari Sedili Besar di sebelah selatan sampai ke Terengganu. Baginda bersemayam di Tanjung Langgar, ditepi Sungai Pahang, iaitu ditempat semayam Maharaja Dewa Sura Raja Pahang yang ditakluk ke Siam dahulu, dan Sultan Muhammad Shah mulai memerintah dalam tahun 1470M. Baginda beristeri seorang Puteri Kelantan, cucu Sultan Iskandar Raja Kelantan, bernama Puteri Mengindera, dan bersama isteri baginda itulah Sultan Muhammad berputerakan Raja Ahmad, Raja Abdul Jamil (Sultan Pahang 3 - Marhum Ziarat) dan Raja Mahmud.
Baginda telah mangkat dalam tahun 1475M, Batu nisan di makam almarhum itu telah dijumpai di Makam Langgar ditepi Sungai Pahang Tua, dan batu nisan itu bertarikh 16 Jamadil Awal Sanah Hijrah 880, bersamaan 17 September 1475. Dalam catatan buku commenteries karangan anak Alfonso d'Albuquerque, mengatakan baginda telah diracun, tetapi tiada bukti yang dapat mengesahkannya.
Itulah permulaannya Raja-Raja Melayu di Negeri Pahang. Dari anak cucu baginda Sultan Muhammad Shah lah, sama ada dari keturunan pihak lelaki mahupun dari pihak perempuan yang berkahwin dengan zuriat Raja Melaka yang memerintah Pahang dan Empayar Johor -Pahang-Riau sehingga terputusnya zuriat Sultan Melaka, selepas kemangkatan Sultan Mahmud II (Marhum mangkat dijulang).
