Perang Saudara Pahang yang melibatkan 2 orang putera
Bendahara Tun Ali pada awal tahun 1856 telah merenggangkan perhubungan di
antara negeri Pahang dan Johor.
Ia berpunca dari tindakan Sultan Abu Bakar Johor yang
telah menyebelahi Tun Mutahir, Bendahara Pahang yang ditentang oleh Wan Ahmad.
Sultan Abu Bakar mempunyai alasan yang kuat untuk membantu kerana baginda
merupakan menantu Bendahara Tun Mutahir.
Apabila Wan Ahmad dapat mengalahkan kekandanya dan
menjadi Bendahara Pahang dalam tahun 1863, perhubungan Baginda dengan Sultan
Abu Bakar Johor semaikin tegang.
Bagaimanapun, perkahwinan putera sulung baginda, Tengku
Besar Mahmud dengan puteri sulung Sultan Abu Bakar, Tengku Mariam yang
berlangsung di Istana Johor pada 14 September 1897, telah dapat merapatkan
kembali perhubungan di antara kedua-dua negeri tersebut.
Menurut ceritanya, Sultan Ahmad sering tinggal dan
bermalam di Istana Johor sewaktu berurusan dengan Frederick Weld, Gabenor
Negeri-Negeri Selat di Singapura atau sewaktu beralih angin.
Demikian juga Sultan Ibrahim, putera Sultan Abu Bakar.
Baginda sering melawat Sultan Ahmad di Pekan, sekiranya ada masa kelapangan.
